Per default il PHP viene compilato come programma CGI. Ciò crea un interprete di linea di comando che può essere utilizzato sia per elaborazioni CGI sia per script non connessi con il web. Se si utilizza un server web il PHP ha dei moduli atti allo scopo, questa dovrebbe essere la soluzione preferenziale per ragioni di performance. Tuttavia la versione CGI permette agli utenti di Apache di eseguire pagine PHP sotto differenti user id. Se si desidera utilizzare il PHP come CGI è opportuno leggere con attenzione il capitolo Security chapter
Dalla versione 4.3.0 di PHP sono state inserite nuove caratteristiche. Una nuova SAPI, chiamata CLI, è stata aggiunta è ha lo stesso nome dell'eseguibile CGI. Che cosa si installa nella directory {PREFIX}/bin/php dipende dalla line di configurazione, ciò è descritto dettagliatamente nel capitolo Uso del PHP da linea di comando . Per maggiori dettagli leggere quel capitolo del manuale.
Se si ha compilato il PHP come programma CGI, si può testare l'eseguibile eseguendo make test. E' sempre una buona norma testare l'eseguibile che si è appena compilato. In questo modo si possono intercettare immediatamente eventuali problemi relativi alla piattaforma e non impazzire in una fase successiva.
Se si compila il PHP 3 come programma CGI, si possono eseguire dei banchmark digitando make bench. Occorre notare che se si è abilitato il safe mode il benchmark non è in grado di concludersi correttamente se richiede più di 30 secondi. Questo perchè la funzione safe mode non può utilizzare la funzione set_time_limit(). Utilizzare il parametro max_execution_time per impostare il tempo massimo di esecuzione di uno script. Il comando make bench ignora il file di configurazione.
Nota: make bench è soltanto disponibile per PHP 3.
Alcuni server passano delle variabili d'ambiente che non sono definite nelle specifiche CGI/1.1. Soltanto le seguenti variabili sono standard, tutte le altre sono da considerarsi come estensioni del fornitore: AUTH_TYPE, CONTENT_LENGTH, CONTENT_TYPE, GATEWAY_INTERFACE, PATH_INFO, PATH_TRANSLATED, QUERY_STRING, REMOTE_ADDR, REMOTE_HOST, REMOTE_IDENT, REMOTE_USER, REQUEST_METHOD, SCRIPT_NAME, SERVER_NAME, SERVER_PORT, SERVER_PROTOCOL e SERVER_SOFTWARE